特殊技能的掌握往往能显著提升妖怪的战斗能力。部分妖怪通过升级或技能机器可习得特殊技能，例如暴烈燃烧、高压水炮、硬化植物等。这些技能通常具有高威力或附加效果，但学习条件较为严格。初始御三家喷火龙、水箭龟、妙蛙花分别能在七岛习得对应属性的终极技能，而闪电鸟可通过招式机25学习闪电技能。技能机器在不同妖怪间的适用性存在差异，需结合妖怪属性和技能池进行合理搭配。
飞行系技能如神鸟仅限火焰鸟掌握，属于特定妖怪的专属技能。幽灵系的影子球可通过招式机30让鬼斯通、耿鬼等幽灵系妖怪学习，而超能力系的精神干扰则需使用招式机29或通过游戏厅兑换。钢系妖怪如巨钳螳螂可通过招式机23习得钢铁尾巴，格斗系妖怪则能利用招式机01掌握气合拳。技能机器的获取途径包括剧情推进、隐藏道具及游戏厅兑换，部分高级技能机器需在后期地图探索获得。
毒系妖怪如尼多王、阿伯怪能通过升级自学泥炸弹等特殊技能，其附加中毒效果在战斗中具有战术价值。龙系妖怪快龙则需达到高等级才能掌握激鳞，属于后期爆发型技能。电系妖怪中，雷丘和电击兽可通过不同方式学习十万伏特，但需注意技能命中率与PP值的平衡。岩石封杀作为岩系特殊技能，仅限大岩蛇、铁甲暴龙等少数妖怪通过招式机39习得，其减速效果在控场中较为实用。
特殊技能的实战价值不仅取决于威力，还需考虑属性克制与队伍搭配。火系技能暴烈燃烧虽威力极高，但使用后会强制冷却一回合，需谨慎选择释放时机。水系高压水炮命中率较低，适合搭配命中强化道具使用。草系硬化植物同样存在副作用，建议由耐久较高的妙蛙花携带。玩家需根据妖怪个体差异与战斗需求，综合评估技能学习的优先级，避免资源浪费。
最后需强调，部分特殊技能如自我再生、生蛋等回复类技能，仅限特定妖怪通过升级或技能回忆掌握。月精灵、波克比等妖怪可通过升级自学回血技能，但需注意火红版中部分妖怪的进化条件受限。技能回忆需在特定城市使用鳞片触发，且每次仅能回忆1-2个技能，规划技能组合时需预留足够资源。
