辐射避难所中自然灾害的触发与人口数量密切相关，不同阶段会面临不同类型的灾害威胁。当避难所人口达到30人时，蟑螂灾害开始出现，这种害虫攻击性较强且会造成居民心情下降。51人口时食尸鬼与鼹鼠开始出现，其中鼹鼠会通过地下通道快速扩散，而食尸鬼最危险的特征是会造成辐射伤害。55人口时有小概率出现辐射蝎子，这种生物会消耗大量电力储备，最多可能吃掉40%的电量。61人口后死爪将成为主要威胁，其出现几率会随时间推移不断提高。
应对自然灾害的核心在于提前做好防御布局和资源储备。电力资源是避难所运转的基础，必须确保有充足储备以应对蝎子的电力消耗。建议采用X形房间布局来阻断鼹鼠的移动路径，或将训练有素的居民分配到关键位置进行防守。对于食尸鬼这类具有辐射伤害的敌人，应安排耐力值较高的居民在一线作战，并优先在底层设置医疗设施。辐射蝎子出现时切忌移动正在攻击的居民，因为蝎子即使受到攻击也会转移房间，必要时可通过重启游戏来避免电力损失。
武器配备和人员调度是减轻灾害损失的关键因素。每个房间都应配备足够数量的武装居民，建议武器攻击力不低于4点。重要生产设施需要安排6名以上持有6攻以上武器的居民驻守。面对死爪这类高强度敌人时，需要集中12名以上高等级居民进行围剿，并确保每人血量维持在350-400点以上。广播站等非必要设施在灾害频发期可考虑暂时关闭，将人力调配到更关键的防御岗位。孕妇和儿童在灾害中无法参与抵抗，需要提前将他们转移到安全区域。
灾害处理过程中需要特别注意居民状态管理和尸体处理。遇难居民的尸体会严重影响其他居民的心情指数，必须及时安排埋葬或支付瓶盖进行复活。在尸体未处理前，进入该房间工作的居民心情会持续下降。火灾和虫害发生后，要确保受影响居民得到充分治疗和休息，避免因状态不佳导致二次灾害。通过定期轮换防御人员、保持合理的工作休息节奏，可以有效维持居民的战斗力和幸福感，这对长期灾害防御至关重要。
避难所的可持续发展需要建立完善的预警机制和资源循环系统。建议设置专门的监控岗位，随时留意资源储备和居民状态变化。建立物资储备制度，定期检查武器、装备和医疗用品的库存情况。在建筑规划时要预留应急通道和避难空间，确保灾害发生时居民有安全的疏散路线。通过科学训练提升居民各项属性，特别是力量、耐力和敏捷等直接影响战斗能力的数值，这些措施都能显著提高避难所的整体抗灾能力。
