阵容搭配的核心在于角色定位的互补和技能联动。输出型角色负责高爆发伤害，防御型角色承担敌方攻击，控制型角色限制对手行动，辅助型角色提供治疗或增益效果。合理的搭配能让队伍在战斗中发挥最大潜力，比如利用鲨鱼和角都的普攻起手触发追打回蓝，快速积攒查克拉实现首回合压制。
主角的选择直接影响阵容风格，火主擅长群伤和控制，适合搭配飞段、佩恩等爆发型忍者；风主依赖追打回蓝机制，可配合雏田、达鲁伊等连击型角色；雷主偏向高爆发，与凯、修罗道佩恩组合能打出致命伤害。注意忍者属性克制，比如风属性对雷属性有额外压制效果，合理利用属性优势能大幅提升胜率。
零氪玩家可以优先培养易获取的SS级过渡忍者，如大蛇丸、宇智波佐助，通过首充礼包或限时活动快速成型。微氪党建议集中资源培养版本T0角色，如雷影、秽土斑等，这些忍者通过组织商店或积分兑换也能逐步获取。避免分散投资低星级角色，SSS级忍者的成长潜力和技能强度更值得长期投入。
PVE副本需要高爆发和续航能力，推荐搭配双核输出（如鸣人+佐助）和稳定治疗（如百豪樱）；PVP竞技场则注重先手控制和灵活应变，卡卡西的神威起手或水门的飞雷神突袭能打乱敌方阵型。根据对手调整站位，比如保守型2356站位能有效防御快攻，而同路集中输出可快速击破脆皮路线。
后期养成需关注装备强化和羁绊激活，比如鸣人的六道锡杖优先升阶，佐助与鸣人的宿命之敌羁绊能提升暴击伤害。天赋觉醒侧重核心技能冷却缩减，如卡卡西的神威或小樱的治疗加成。定期参与限时招募和忍者集训活动，及时补充高战力忍者碎片，保持阵容版本适应性。
